代目シビックのフルモデルチェンジから1年後の2001年12月6日に、日本での販売が開始された。

イギリスにある現地法人ホンダ・オブ・ザ・UK・マニュファクチャリング（HUM）のスウィンドン工場で生産され[1]日本に輸出され、いわゆる輸入車となった。7代目欧州仕様シビック(2代目欧州専売車)の3ドアモデルで、国土交通省認定型式は前期型がホンダオブザユーケー・LA-EP3、後期型が同・ABA-EP3。

エンジンはK20A型 2.0L 直4 DOHC i-VTEC（215PS/8,000rpm）、トランスミッションはクロスレシオの6速MTで、シフトレバーは異色とも言えるインパネに配置されており、この車最大の特徴でもある。これは意図してそうなったのではなく、ベース車のATセレクトレバーを強引にMTシフトレバーに換装した結果である。レカロ製バケットシート、モモ製ステアリングホイールの装備は踏襲しているが、シフトノブはアルミ製に、ペダル関係もベース車両と同じゴムが使用されている。 なお、日本販売モデルのみリミテッド・スリップ・デフ（LSD）が装備された。

日本での販売ディーラーは、シビックを扱うプリモ店で、日本仕様の装備が施されている。

2004年1月22日にマイナーチェンジがおこなわれた。平成17年排出ガス規制適合し、イモビライザーが標準装備されたほか、フロントバンパーや6灯式ヘッドライト（ロービームにHID式のプロジェクタータイプ、ハイビームにハロゲンバルブのマルチリフレクタータイプ）、リアコンビネーションランプが新デザインになり、今まで赤一色だったレカロ製シートが赤と黒のツートンカラーに変更された。またエンジンにも若干の手直しが入り、マイナーチェンジ前で問題だったエンジンオイルの減りが解消している。ボディーカラーも変更され、タイプRのシンボルカラーであるチャンピオンシップホワイトは残されたが、赤と黒は廃され、代わりにシルバーが追加された。

この時期の日本では3ドアハッチバック車の人気は低く、あまり注目されなかったこともあって販売台数も4735台と低迷し、特にマイナーチェンジ後の後期型に至っては1000台弱と、後に限定販売されたFN2型よりも希少な車となっている。このため他のシビックタイプRと比べて街中で見る機会は極端に少なく、自動車好きでもEP3型の存在を知らない人もいるほどで、「歴代タイプRで最も存在感が薄い」と言われることもある。

2005年9月22日に行われた8代目シビックへのフルモデルチェンジを前にして、2005年春頃に輸入を終了した。